Molekylære fodaftryk: Detektion af RNA-aptamerproteininteraktioner gennem kemiske modifikationer og nanoporeaflæsning

Proteiner er indikatorer for helbred og miljømæssige ændringer, men nuværende målemetoder er afhængige af komplekse analyser eller dyrt udstyr. Dette projekt udforsker en forenklet, universel platform, der integrerer kemisk Kethoxal-footprinting af RNA-aptamerer med Oxford Nanopore-teknologi. Kethoxal modificerer selektivt ubeskyttede guaniner, resulterende i unikke molekylære fodaftryk for bundne og ubundne aptamer-proteinkomplekser. Fodaftrykkene aflæses i realtid, mens aptamererne vandre gennem nanoporen, og skaber elektriske signaler, der direkte indikerer binding uden behov for immobilisering eller omfattende prøvebehandling. Metoden udnytter aptamerers høje specificitet og kemiske stabilitet til at muliggøre multiplexet proteinkvantificering i stort set ethvert biofluid. Hvis succesful, vil denne tilgang transformere proteinmåling med en transportabel, omkostningseffektiv og single-molekyle-baseret metode, med anvendelse i diagnostik, personligmedicin og miljøovervågning.