Metoder til at relatere mikromiljøets pH- og iltniveauer til genekspression i enkeltceller i væv

Lokale pH- og iltniveauer (O₂) er afgørende for fysiologisk homeostase i organer. Mens effekten af O₂ og i nogen grad pH er velundersøgt i isolerede cellemodeller, er deres rumlige og tidsmæssige dynamik samt deres påvirkning af genekspression i individuelle celler inden for organer stort set uafdækket. Metoder inden for “spatial transcriptomcis” kan måle genekspression i celler i væv, men der mangler metoder til samtidig kortlægning af pH- og O₂-mikromiljøers effekt på enkeltcellers genekspression. Dette projekt vil udvikle metoder til at måle pH- og O₂-niveauer i væv og integrere disse målinger med rumligt opløst enkeltcelle-genekspression. Ved at anvende disse metoder på levervæv vil vi skabe modeller for, hvordan lokale O₂- og pH-miljøer former cellulær genekspression og funktion. Dette udgør et vigtigt skridt mod en kvantitativ molekylær fysiologi af organers mikromiljø.