Implementering af nanopore-adaptiv-sekventering for værtsspecifikke mikrobiomer

Mikrober spiller nøgleroller i alle økosystemer på Jorden og i samspil med værtsdyr og værtsplanter, hvor de kan indgå i specifikke symbioser. For at forstå den afgørende rolle, mange værtsassocierede mikrober har for deres vært, f.eks. for dens forsvar eller ernæring, kræver det sekventering og analyse af mikrobernes genomer direkte fra værten, da de fleste mikrober ikke kan dyrkes i laboratoriet. Denne genomsekventering, især for sjældne, men essentielle symbionter, kompliceres ofte af tilstedeværelsen af store mængder DNA fra værten og fra andre mikrober. I dette projekt vil vi derfor tilpasse og implementere nanopore-adaptiv-sekventering (NAS) for selektivt, hurtigt og omkostningseffektivt samle genomer fra sjældne, værtsassocierede mikrober, med skovmyrer som eksempel. Hvis det lykkes, vil metoden accelerere undersøgelsen og forståelsen af værtsassocierede mikrober og i sidste ende deres anvendelse i landbrug og bioteknologi.